Séminaire IMABS sur le thème des réseaux en biologie :Vincent FROMION (INRA, MaIAGE, BioSys) et Anne SIEGEL (Univ. Rennes, Inria, CNRS, IRISA)

Séminaire IMABS sur le thème des réseaux en biologie : Vincent FROMION et Anne SIEGEL

Séminaire IMABS sur le thème des réseaux en biologie :Vincent FROMION (INRA, MaIAGE, BioSys) et Anne SIEGEL (Univ. Rennes, Inria, CNRS, IRISA)

Le vendredi 17 mai 2019, Vincent Fromion (INRA, MaIAGE, BioSys) et Anne Siegel (Univ Rennes, Inria, CNRS, IRISA, Dyliss team), interviendront dans le cadre d'un double séminaire sir le thème des réseaux en biologie. Une collation d'accueil sera proposée aux participants, dans le hall d'entrée de l'Accueil du Centre Inra, à 10h00 (devant la salle Marc Ridet).

Programme :

10h00 - 10h45
Vincent FROMION (Inra, MaIAGE, BioSys, Université Paris-Saclay)                        

 La modélisation systémique de la cellule constitue-t-elle une base utile de la représentation des liens entre les entités de la cellule à travers des « graphes » ?

Résumé. Avant d’aborder à proprement parler la question de l’utilisation des graphes dans cet exposé, j’insisterai sur le fait que cette question s’inscrit plus largement dans un cadre de la modélisation des systèmes vivants et des « moyens/méthodes » qu’il s’agit de déployer pour exploiter de façon efficace les données, les informations et les connaissances qui sont à notre disposition. Cela conduira à insister sur la nécessité actuelle de progresser dans la représentation (formelle) des systèmes vivants afin en autres de faciliter la mise en œuvre des méthodes développées par les statisticiens ou les « apprentistes ».

Dans la partie principale de l’exposé, en revisitant la question de l’inférence des réseaux de régulation (ici en me restreignant au cas de la bactérie), j’illustrerai en quoi la modélisation peut aider à définir « la nature des graphes » qu’il faudrait considérer afin par exemple d’intégrer des données de nature différentes de transcritpomique, protéomique, métabolique, etc. voire les NGS (chip-seq, ribosome profiling, etc.        

10h45 - 11h05
Pause                                                                                 
11h05 - 11h50
Anne SIEGEL (Univ Rennes, Inria, CNRS, IRISA Dyliss team)

Reasoning-based systems for the study of large-scale metabolic networks and microbiomes.

Résumé. Systems modeled in the context of molecular and cellular biology are highly difficult to model in a unique way. In this context, we will describe how several approaches based on reasoning allow the systems to be identified, validated, improved and finally studied despite lacks of data. To that goal, we rely on Answer Set Programming, a paradigm of logical programming. We will illustrate this approach on the reconstruction and study of genome-scale metabolic network with an application to the reduction of microbiomes according to expected metabolic phenotypes.

 

Voir aussi

Image: Par Laurens van Lieshout – Travail personnel Domaine public, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=2032585

Date de modification : 07 juin 2023 | Date de création : 07 juillet 2021 | Rédaction : AP